单细胞Hi-C（scHi-C）测序技术使我们能够在单细胞水平上研究三维染色质组织。然而，我们仍然需要计算工具来处理单细胞接触图的稀疏性，并将单细胞嵌入到低维欧几里得空间中。这种嵌入帮助我们理解不同维度中细胞之间的关系，如细胞周期动力学和细胞分化。我们提出了一个开源计算工具箱scHiCTools，用于全面高效地分析单细胞Hi-C数据。该工具箱提供了两种单细胞筛选方法、三种常用的scHi-C数据平滑方法、三种计算细胞对相似性的高效方法、三种单细胞嵌入方法、三种细胞聚类方法，以及一个内置函数用于在二维或三维图中可视化细胞嵌入。scHiCTools使用Python3编写，兼容不同的平台，包括Linux、macOS和Windows。